从18世纪起，牛顿开始被认为是现代科学家时代首屈一指的最伟大的人，一位理性主义者，一个教会我们在冷静的和纯粹的理性路线上思考的人，牛顿的名字一直是科学的代名词。
但是，牛顿的真实面貌其实并不完全像我们所想像的那样。一切都源于一个神秘的箱子———牛顿的“黑匣子”，这个大箱子里，保存着许多证据，这些证据能够告诉后人，曾经占据和完全吸引着牛顿那颗热情和智慧的心灵的东西到底是什么。
牛顿是在剑桥大学工作时留下这些东西的，但他没有在离开剑桥的时候销毁它们，而是把它们保存在那个箱子里。黑匣子里的东西深深震惊着任何一双18或19世纪，甚至是我们现代人的探索的眼睛，那里面保存着数以百万字的他未发表过的著作。这些著作是牛顿在整个一生中艰难地隐藏着的秘密。
秘密随他逝去，在他死后，有人试图了解这个尘封的秘密。毕肖普·霍斯利奉命检查过这个箱子，并希望出版箱子里的那浩如烟海的作品，可是他看了箱子中的内容后，惊慌失措地猛然把箱子盖盖上了。100年后，戴维·布鲁斯特再次查看了那个箱子，但他通过小心地摘录和几个严肃的小谎言便把“黑匣子”里的真相完全掩盖了。
纸终究包不住火，“黑匣子”里的秘密最后终于还是被解开了。人们被“黑匣子”里的东西惊得目瞪口呆，那些证据表明，牛顿当时潜心研究的是长生不老药和废金属向黄金转化的方法。正像剧作家乔治·伯纳德·肖在戏剧《在好国王查理的黄金岁月》里放入牛顿口中的话一样，剧作家借角色表达了牛顿的心声：“有如此多更重要的事情需要去做：废金属向黄金的转换，长生不老药，光与颜色的魔术，压倒一切的是圣经的隐义。我却把时间浪费在了其他地方，多么大的时间浪费，无价的时间！”秘密著作的另一大部分是他推想和求索的宇宙的秘密真相———所罗门神殿的力量，圣经启示录、丹尼尔之书和关于教会历史的数百页论述。
看过“黑匣子”中的证据后，所有人都会认为牛顿不是理性时代的第一人，而是魔法家中的最后一个。牛顿的天性是玄奥的、隐蔽的，并且还有着深深的神经过敏，他的后继者惠斯顿把他评价成：“其性格是我所曾知道的最惧怕、最小心和多疑的性格之一。”所以他整个一生都疏远女性，终生未娶。